1997年，金庸又开始了另一个惊人之举，即对自己的15部小说作品再次进行修订。2001年4月，完成对《书剑恩仇录》的修订，同年8月正式出版。此后，逐一对「金庸作品集」进行修订，并以「金庸作品集『新修版』」之名，于2001至2006年间，在中国两岸三地陆续推出。
　　在新修版的「后记」中，作者称这一新版为第三版。这是因为，此前金庸小说曾有过两版，第一版是报纸连载结集的单行本，第二版是（第一次）大规模修订版，即1980年至2000年间的标准流行版，如此这一新修版，就成了第三版。
　　金庸对自己的作品进行再次修订，直接的动因当是因为许多热爱金庸小说的读者对作品进行多次精细阅读，发现小说中仍有一些白璧微瑕，并在报刊杂志或「金庸茶馆」等网站上发表，引起了金庸的注意，遂有再次修订之举。
　　当读者发现新修版中固然修订了一些年代错误及不合史实的地方（如《射雕英雄传》中将吕文焕守襄阳一节改为李全、杨妙真夫妇领「忠义军」守青州），同时还对原来的人物关系等方面也进行了修订（如黄药师与女弟子梅超风之间的情感关系等等），这引起了一些「金迷」的争议和不满，甚至有反对新修版之声。
　　对新修版的评价，不宜匆忙作出判断。至少有以下几点值得注意。首先，新修版中的纠错补漏之功不可忽视，批评者不能以偏概全。其次，一些不喜欢新修版的读者是否存在因为流行版先入为主，一时难以接受新修版中的某些改变的情况？这也值得研究。最后，当然也不能排除，新修版中的某些情节和人物关系的修订的合情合理程度不无商榷的余地。
　　对新修版的成就和局限，有待更进一步的广泛讨论和深入研究，更重要的，是要留待时间和历史的检验。